Я с Horizon и vCenter с самоподписанными сертификатами не работал, но когда читал документацию понял что этого "verify" достаточно, возможно варнинг и должен остаться, но точно не скажу. Я бы больше внимания уделил 2й проблеме, проверьте поля которые я указал.
update: по поводу первой проблемы, здесь VMware Documentation Libraryчетко написано
erify that an SSL server certificate is installed on the vCenter Server host. In a production environment, install a valid SSL certificate that is signed by a trusted Certificate Authority (CA).
In a testing environment, you can use the default certificate that is installed with vCenter Server, but you must accept the certificate thumbprint when you add vCenter Server to View.
Т.е. достаточно жмякнуть ОК и View Manager будет лояльно относиться к самоподписанному сертификату vCenter, но как я сказал выше, думаю это не основная ваша проблема, вот вторая очевидно указывает на то, что имя в сертификате не соответствует доменному имени машины View CS. Не зря в WildCard сертификатах (да и в обычных тоже) указываются доменные имена машины View CS и др. компонентов. Вы так и не сказали меняли ли имя машины View CS.
З.Ы. а нет проблем со временем на этих машинах, дата точная?