Конечно для vmware нету раздници, при установкекак на флешку нак и на диски при запуске гипервизора создается RAM диск в памяти куда и загружается целиком гипервизор
При установке на флеш диски используются в процессе работы только для одного - ведение логов.
Так же исходя их того что usb flash фактически используется только для загрузки гипервизора в память (логи на флеш не сохраняются), эта флешка будет жить очень долго