Собственно сам отвечаю на свой вопрос, что было сделано:
- Обновил биос материнки и IPMI заодно
- Обновил прошивку рейд контроллера (Adaptec 6405)
- Спомощью ESXi-Customizer-v2.7.2 интегрировал драйвер (vmware-esxi-drivers-scsi-aacraid-550.5.2.1.40301.-1.5.5.1331820.x86_64.vib) с сайта adaptec, в образ ESXi 5.5 U2
- Загрузился с этого диска с образом и сделал upgrade с 5.1 -> 5.5
После перезагрузки все заработало. Далее, по рекомендации vmware: "NOTE: After installation of the ESXi Update, VMware strongly recommends applying the ESXi 5.5.0 patches related to Heartbleed, a serious vulnerability in OpenSSL version 1.0.1a-f. See KB2076121and KB2076589 for details."
Установил эти два патча, в процессе их установки я как-то засомневался, а не "завалят" они мне драйвер контроллера... Ну и после перезагрузки отвалился datastore1, один в один как это описано в этом топике:
Не подцепляется datastore1 после перезапуска ESXi 5.5 update1
Я конечно расстроился (время час ночи), в голове стали витать мысли, как бы откатить эти обновления взад... Ради интереса перезагрузил сервер еще раз и на удивление все откатилось назад само. Т.е. build опять стал как до установки патчей и datastore1 подцепилась. Перезагрузился еще пару раз, на всякий случай, все как до установки патчей (все работает, виртуалки запустились). Обрадовался и на этом прекратил мучить сервер 
PS То что эти патчи ставить не надо было, это я уже понял, не понял только, как оно само обратно откатилось, без каких либо действий с моей стороны? патчи устанавливал из SSH консоли командой.
