Если я правильно понимаю, то invoke-vmscript выполняет какой-то скрипт внутри гостей указанных vm? В таком случае можно использовать psexec от Руссиновича, и запускать что-нибудь от имени системы Доступ - [решено] Запуск приложения от имени SYSTEM. Т.е. запуск от имени системы указывать уже внутри скрипта, который будет запущен в госте.
Не понятно, что значит от имени VMtools? Это сервис, он сам работает от чьего-то имени.
p.s. чем для таких задач invoke-vmscript лучше icm`а от powershell (если, конечно, invoke-vmscript не позволяет запускать скрипты в линукс гостях)?