С точки зрения гипервизора-ему все равно один у вас VMDK или несколько, у vmware есть только бестрактиз по кол-ву ВМ на LUN.
все остальное это оптимизация.
Если ,условно , Ваша дискгруппа в 5-ом рейде(дабы получить объем) нормально справляется со всей нагрузкой - базами данных,томкатами и т.д.,то разделять ВМ на отдельные виртуальные диски, которые лежат на одном Lun(датасторе) я не вижу смысла(ну разве, что-бы бекапить отдельно).
Если Вы видите, что ваша дискгруппа в 5-ом рейде задыхается , то Вы разделаете Вашу диск-группу на две, на одной делаете 10 рейд, на второй 5, разбиваете ВМ на диски и размещаете эти диски на соответствующих датасторах.
Можно разбить диски на разные контроллеры и т.д..
В общих чертах так.