Видимо, вы не пользовались MS Roaming Profiles, существует понятие перенаправленных папок, которое как раз таки имеет прямое отношение к GPO и в таком случае не требуется 100% загрузки профиля, к тому же он не подгружается 100% каждый раз, т.к. есть ориентир на временные метки, хотя это уже другая история. Ситуация когд пользователь может попасть на разные десктопы пула - это floating pool, который вообще не имеет смысла если количество машин равно количеству пользователей. Также не понятно что значит "не плотно используете view пулы".
Да, я использую Roaming Profiles, и не говорю что это панацея, лишь привел пример. Если вы используете Persona Management - так прочтите практики по бэкапу этого сервиса, но очевидно что необходимо бэкапить репозиторий Persona Management, если это NTFS раздел - делайте его резервную копию, если VDP не может внутрь VMDK - делайте копию всего VMDK диска, на котором репозиторий располагается. Вообще непонятно к чему бэкап отдельных персистент дисков, о которых вы говорите в стартовом посте.