Ну, например тем, что при переустановке ESXi на такой "общий большой LUN" инсталлятор потрёт к тудой-то матери весь LUN. Что автоматом херит все виртуалки на нём. 
Вообще же я уже высказывал популярную среди VI-админов т.з насчёт установки гипервизора на USB-флешку.
А вопрос выбора между отдельной дисковой рейд-группой (R1) под систему против отдельного системного LUN на общей дисковой рейд-группе я затронул не (с)только в контексте ESXi - скорее, в освещение общей дремучестипарадигмы наивных админов, полагающих, что отдельная пара зазаеркаленных дисков под систему (любую), есть гуд и мастхев. Что не есть так.