Не совсем понятно из вашего описания какие конкретно файлы вам не нравится, но могу предположить что ваши проблемы связаны с тем что у вашей виртуальной машины имеются снапшоты которые и занимают это место
Файл снапшота если его долго не удалять и активно продолжать работать с диском может по размеру достигнуть размера самого диска