Да! Я это сделал, система запустилась и все на месте!
Решил все таки правкой заголовка вручную. Но прикол в том что связка файлов шла не от большего к меньшему а вот так вот:
000004->000002
000002->000003
000003->000001
000001->Main
И еще странно что в 000004.vmdk все таки изменился CID и parentCID, просто у меня был бекап 000004.vmdk и там они совсем другие, при чем варя сама их меняет после нажатия на загрузку системы..
Так что пришлось в 000002.vmdk поменять CID на тот, который поставила варя в 000004.vmdk, и сразу заработало короче, ну после проверки и фикса файловой системы в винде уже..
Во общем могу сказать одно, делайте бекап перед любым действием 