0) vmfs 3 или 5
1)через ssh с помощью cp копируете ? или через гуй ?
2) копируете в пределах одного стораджа ? или с одного стораджа на другой
3) какой рейд? если разваливался то как штатно или не штатно?
4) сбои в питании ?
5) смарт дисков ?
5) vmdk в каком режиме был создан thin или thick?
(была похожая ситуация после склеивания огромной пачки снапшотов а диск был thin)