У меня такая же проблема. Мучаюсь с января 2014г.
Supermicro SYS-7047R-TRF Adaptec 6805E Intel Xeon E5 2630V2
Если сервер практически в режиме простоя – зависает через неделю – две максимум
Если сервер нагружать (например копировать виртуальную машину с одного хранилища на другой диск) зависает менее чем за сутки.
Что было уже сделано мной.
ESXi официально поддерживает и материнскую плату и контроллер
ESXi Ставил и на жесткие диски и на флешку.
Делал и сборки дистрибутива с драйверами контроллеров и устанавливал контроллеры из терминала уже установленного ESXi
Были обновлены IPMI, BIOS, Firmware контроллера
Брались разные дистрибутивы ESXi (сейчас на флешке 1623387 bild это последний март 14г. на хранилище 1 3,, ,,, Точно не помню)
Сервер перестает отвечать на пинги (остается только IPMI, иногда сам VMware и всегда в первую очередь пинги пропадают с виртуальных машин).
Уже 2 месяца на тестировании у производителя (поставщика - продавца) Ответы что то типа "Ставьте Windows, у нас на нем все работает ) "