Автор, у меня стояла такая же задача в свое время, и я достаточно глубоко её изучил. Собирал во время тестирования и вариант с загрузкой по iSCSI, и на флешках. В принципе, они оба имеют право на жизнь. Но я в итоге выбрал вариант с флешками. С ними мы получаем автономность, независимость от СХД. Опять же, для загрузки желательно выделять отдельный сетевой адаптер, который имеет фугкционал загрузки по iSCSI (далеко не все так могут, настраивается с BIOS сетевой карты или материнской платы).
По поводу флешек: у меня уже 8 месяцев работает 10 серверов на флешках. Один раз была проблема, думал с флешкой (перестала видеться хостом), но проблема оказалась в хосте. Тупо начал глючить USB порт на сервере супермикро. Всё решилось перетыканием флешки в другой порт сервера. Очень радует меня этот вариант работы. Наверное, даже порекомендую именно флешки, а не iSCSI.