> Что может быть причиной?
При имеющихся вводных - все что угодно.
Подробности, статистика, метрики производительности внутри и снаружи, конфигурация сети, стораджа и самой VM, зарузка сервера ESX...
Добыть, проанализировать, подумать, тогда что-нибудь да придумается.