Всем спасибо за советы. Проблему решил. Сделал следующим образом:
1. Уменьшил размер самой ФС и партиции. (resize2fs, потом fdisk)
2. Уменьшил размер диска VM с помощью правки *.vmdk файла и последующего клонирования.
(http://winitpro.ru/index.php/2014/03/13/umenshit-razmer-vhdx-vmware-esxi/)