pather_tual, 
Насчет антивирусов я не думаю.
peektoseen, ты чекдиск с проверкой поврежденных секторов запускал или как?
а снэпшотов нет на этой машине?
У меня была недавно проблема, ВМ замирала на 5-10-15 минут каждую пятницу в 9:42 четко. Из симптомов - большое время пинга, падала (уж не знаю почему) нагрузка на процессор и в 2 раза увеличивалось латенси к диску ВМ. Ну и ничего не работало, даже на консоль через клиента сферы попасть нельзя было. Потом машина продолжала работать как положено. В логах самой машины ничего нет. Только оракл ругался что "пропало" энное количество секунд (точную формулировку уже не помню). Через полтора месяца изысканий виновный был найден - 2 лимона мелких файлов и включенная служба индексации. Файлы удалили, индексацию задушили, проблема ушла. О как.