Проблема решилась.
Скорее всего это баг и он будет фикситься в последующих патчах.
Все дело в папке vsantraces, которая появляется на датасторе. Это логи и трейсы технологии VSAN, которая даже не была включена в нашем случае.
Перенастраивается она с помощью esxcli на каждом из хостов, а точнее необходимо просто поменять расположение папки логов.
По умолчанию она - /var/log/vsantraces , которая является линком на датастор.
Меняется следующей командой - esxcli vsan trace set -p /var/log/vsan