Все данные об управляемой инфраструктуре лежат в базе, потому если при установке использовать существующую, то иерархия должна сохраниться. Главное не используйте случайно опцию "Реинициализировать существующую БД".
Ну и заранее продумайте где-что нужно будет менять в установленных у вас сопутствующих сервисах: Update Manager, бекапный софт и прочее (если такие имеются).